„Boy“ erzählt die Geschichte von Familie Reimer. Sie beginnt 1966 in den USA: Die Zwillingsbrüder Brian und Bruce werden im Säuglingsalter von ihren Eltern zur Beschneidung in ein Krankenhaus gebracht. Aber dieser einfache, chirurgische Eingriff geht bei Baby Bruce schrecklich schief. Nach einem verzweifelten Herumirren durch alle nur denkbaren medizinischen Einrichtungen geraten die Eltern schließlich an einen Experten, der ihnen rät, ihr Kind fortan als Mädchen aufwachsen zu lassen. Alles was es bräuchte, seien Hormone und Kleider. Und schon wird aus Bruce Brenda. Brenda wird nichts gesagt, aber schon in jungen Jahren spürt sie, dass etwas nicht stimmt …